| | | | | | Código | Título | Entidad Financiadora | nombre IP | Concedido | Observaciones | | | | | | | | | | | | La Unidad de Bioinformática servirá como un recurso centralizado para proporcionar experiencia, asesoría y soluciones de análisis de datos. La Unidad ofrecerá servicios a los investigadores del IBIS para la gestión, computación y el análisis de conjuntos de datos biológicos a gran escala.
La misión de la unidad de Bioinformática consistirá en mantener, mejorar y proveer una infraestructura de calculo científico que beneficie el impacto científico de las publicaciones y proyectos del centro. De forma más específica, se han definido los siguientes objetivos que el centro persigue con la incorporación del técnico:
1. Colaboración con uno de los nodos de la plataforma de bioinformática. En concreto, dicha colaboración se realizará con la Unidad de Bioinformática del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), dirigida por la Dra. Fátima A-Sharour. Este grupo se centra en el análisis de datos de secuenciación masiva (NGS) con un enfoque particular en la medicina personalizada del cáncer. Es por ello que el técnico podrá aprender y desarrollar un conocimiento más avanzado en distintas técnicas de secuenciación para aplicarlas posteriormente en sus propias rutinas, lo cuál supondrá un gran impulso al desarrollo y mejora del servicio del IBiS. Una amplia formación en medicina personalizada del cáncer, ésto es, la identificación del tratamiento apropiado para el paciente correcto, empleando para ello los perfiles moleculares, permitirá añadir un servicio muy específico del que se podrán aprovechar los grupos de investigación del área de Oncohematología y genética del IBiS. Además, el CNIO, como centro de referencia internacional, proporciona un entorno ideal para fomentar la cooperación y el aprendizaje no sólo con el grupo de Fátima Al-Sharour, sino con otros muchos del campo de la bioinformática.
2. Identificación e implementación de soluciones para la gestión, visualización, análisis, e interpretación de datos genómicos o proteómicos a gran escala, procedentes sobre todo de otros servicios del centro. En este punto es importante destacar que la reciente adquisición del secuenciador masivo MiSeq por parte de la unidad de genómica supondrá la necesidad de implementar una gran cantidad de nuevas técnicas de análisis, aumentando así la cartera de servicios de la unidad de bioinformática. Además, gracias a la estancia formativa de la técnica responsable del servicio de proteómica, se están desarrollando actualmente nuevos protocolos que requerirán un análisis computacional posterior, que tendrán que ser puestos a punto por el técnico de la unidad de bioinformática.
3. Establecer las mejores pautas para el análisis de datos en un entorno de producción, y desarrollar soluciones personalizadas para ayudar a la investigación en el análisis de datos y la interpretación biológica. Sirve así como un punto central de contacto y colaboración con bioinformáticos y especialistas en biología computacional.
4. Mejora y acualización del software científico y de las bases de datos instaladas, como parte de la infraestructura de computación científica y de almacenamiento de datos, a disposición de cualquier científico el IBIS y de las unidades de apoyo a la Investigación, dada la creciente demanda de usuarios.
5. Asesoría en el diseño de experimentos que incluyan posteriormente un análisis de datos. Dependiendo del tipo de experimento a realizar, la selección de plataforma, número de réplicas o del tipo de experimento, es fundamental para una correcta interpretación de los resultados.
6. Fomento de la divulgación y el conocimiento de la bioinformática a través de cursos. Es importante que se establezca una relación y un diálogo entre los investigadores biomédicos, los bioinformáticos y biólogos computacionales con los que colaboran. La Unidad dará seminarios informativos sobre las rutinas de análisis admitidos, y será el anfitrión de una serie de cursos sobre herramientas de uso común en bioinformática, recursos y bases de dat | | | | | | | | | | | | Programa Formativo Académico
El programa Formativo incluirá todos aquellos aspectos que le permitan adquirir un conocimiento amplio de la
patología del Ictus, así como actividades académicas que se realicen a lo largo del periodo formativo, y que estén
relacionadas con la adquisición de competencias necesarias para desarrollar posteriormente su faceta profesional
como investigador clínico. Así mismo dará apoyo en algunos talleres preparados por el grupo receptor, que permitan
poner en práctica y afianzar los conocimientos adquiridos por el candidato. Esto incluye la asistencia o colaboración
en las siguientes actividades docentes:
1. Asistencia a las sesiones clínicas de las UGC implicadas en el proceso de formación del candidato.
2. Seminarios del grupo receptor, relacionados con los proyectos científicos y/o sesiones en referencia al estado del
arte en la materia en cuestión.
3. Colaboración en los Cursos realizados por el grupo receptor.
4. Talleres y/o cursos de interés organizados por la Unidad de Formación del Hospital Virgen Macarena y del IBIS.
5. Asistencia a cursos específicos organizados por la Red INVICTUS. Esto le permitirá adquirir conocimientos sobre el
trabajo en red e interactuar con distintos grupos de investigación españoles.
6. Cursos y/o estancias para su especialización en el ámbito del Ictus.
ACTIVIDAD ASISTENCIAL
La actividad asistencial correspondiente a la especialidad del candidato, Bioquímica Clínica, se desarrollará en la UGC
de Bioquímica Clínica del Hospital Universitario Virgen Macarena (Sevilla). El candidato se incorporará a la actividad
asistencial realizada en la UGC, bajo la dirección de la Dra. Concepción González Rodríguez. Su actividad investigadora
se integrará en el trabajo asistencial para la formación completa del candidato. El candidato conoce bien la UGC ya
que realizó en ella su residencia como especialista en Bioquímica Clínica, por lo que su integración como profesional
en el trabajo asistencial está perfectamente justificada. Por otra parte desde su residencia la candidata se ha
interesado por mantener una estrecha relación con el equipo que la acoge. Su interés en la investigación en
neurociencias ha quedado patente, con la defensa de la Tesis Doctoral "Utilidad de las Cadenas Ligeras Libres en
Líquido Cefalorraquídeo como biomarcador de conversión a Esclerosis Múltiple Clínicamente Definida".
La candidata centrará su actividad asistencial en lo referente al estudio de fluidos biológicos, más en concreto, en los
laboratorios de Autoinmunidad, Inmunología y Biología Molecular, siendo el área de mayor interés para el desarrollo
del programa formativo presentado en la memoria. La candidata se pondrá a disposición de las necesidades del
servicio, rotando por los distintos departamentos respetando en todo momento el programa de formación descrito en
la memoria.
La candidata participará en las acciones formativas desarrolladas en la UGC, y estará al servicio de las necesidades de
la UGC, integrándose en la actividad asistencial en la misma línea que los demás profesionales. | | | | | | La estructuración del programa de formación teórico-práctico en investigación se centrará en adquirir los conocimientos y las habilidades relevantes para la generación y difusión de conocimientos nuevos en el ámbito de la microbiología y las enfermedades infecciosas, en especial, el estudio de los mecanismos de resistencia a los antibióticos y los factores de virulencia bacterianos implicados en el proceso infeccioso, con el objetivo de desarrollar nuevas moléculas con actividad antibiótica así como sistemas rápidos de detección de resistencia antimicrobiana.
La resistencia bacteriana a los antibióticos es una causa de mortalidad, de importante morbilidad y de elevado consumo de recursos económicos. Su relevancia es de tal magnitud para la Salud Pública y la atención sanitaria que la Organización Mundial de Salud (OMS) la considera una amenaza de nivel global, ante la que trabaja activamente, con iniciativas como el Plan de Acción Mundial sobre la Resistencia a los Antimicrobianos o la Estrategia Resistencia Antimicrobiana 2013-2018 promovida por el Reino Unido. A nivel nacional también se ha elaborado el Plan Nacional de Resistencia a los Antibióticos (PRAN) 2014-2018, con diferentes objetivos enfocados en la lucha contra las resistencias antimicrobianas. El programa de formación que a continuación se detalla se llevará a cabo durante dos años en los siguientes aspectos:
A) Formación teórica
A.1. Objetivos:
- Formación en investigación de alta calidad en el campo de la microbiología clínica y de las enfermedades infecciosas.
- Conocimiento del método científico para la elaboración, diseño avanzado, presentación y desarrollo de proyectos a
partir de preguntas de investigación clínico-experimental y formulación de hipótesis.
- Adquisición de conocimientos sobre estudios genómicos y análisis bioinformático.
- Profundización en las bases moleculares de los mecanismos de resistencia antimicrobianos.
- Adquisición de conocimientos avanzados en la patogenicidad y virulencia bacterianos.
- Ser capaz de evaluar nuevos antimicrobianos, o combinaciones de los mismos, a través de ensayos in vitro y en modelos animales de infecciones severas.
- Formación en el desarrollo de ensayos clínicos.
- Aprendizaje de métodos de análisis estadístico avanzado, incluyendo análisis multivariante, estudios de imputación de datos faltantes y propensity score; manejo de SPSS y STATA.
- Se potenciarán las habilidades del candidato en la generación y difusión del conocimiento adquirido, así como establecer juicios en el ámbito de la investigación biomédica, capacitándolo para realizar contribuciones científicas originales.
A.2. Actividades
- Realización del curso “Experto en Epidemiología e Investigación en Clínica" (Escuela Andaluza de Salud Pública y Universidad de Granada).
- Participación en ensayos clínicos del grupo receptor, apoyados por el nodo del Hospital Universitario Virgen del Rocío
de la Plataforma de Investigación Clínica y Ensayos Clínicos, ISCIII.
- Realización del curso de formación para el personal responsable del diseño y dirección de procedimientos experimentales con animales (Función D), RD 53/2013.
- Obtener el Diploma de Especialización en Análisis Bioinformático, Universidad Pablo de Olavide.
- Cursos de formación continuada acreditados de la Sociedad Andaluza de Microbiología y Parasitología Clínica (SAMPAC), la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC) y la European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID), que permitan al candidato profundizar en los conocimientos en investigación clínica relacionados con las enfermedades infecciosas.
- Co-Tutelar a alumnos de Trabajo de Fin de Grado en Biomedicina y de Fin de Master de la Universidad de Sevilla y de la Universidad Pablo de Olavide.
- Finalización de la Tesis Doctoral, a través del proyecto “La sobreexpresión de OmpA como factor de riesgo de mortalidad de la bacteriemia por EEscherichia coli y Kle | | | | | | | | | | | | El plan de formación incluye:
1. Aprendizaje de metodología de técnicas experimentales de biología molecular empleadas para análisis de ADN y ARN, así como aprendizaje en la interpretación de los resultados obtenidos. (Meses 1-12)
1.1. Procesos de extracción y purificación de ADN y ARN. Se iniciará en las técnicas existentes para la extracción del material genético mediante técnicas manuales y automatizadas.
1.2. Amplificación mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Permite la rápida amplificación de las regiones de ADN de interés en cantidad suficiente para ejecutar análisis posteriores. Esta técnica es la base de la mayoría de técnicas moleculares que se manejan en un laboratorio de genética.
1.3. Técnicas de Genotipaje. Adquirirá conocimientos sobre las diversas técnicas de genotipaje existentes, los criterios para su elección, y su interpretación: sondas TaqMan, SimpleProbe, análisis mediante High Resolution Melting, y/o IPlex Gold con tecnología MassArray.
1.4. Análisis de la dosis génica: Mediante el uso de kits de MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) y CGH-array (Comparative Genomic Hybridization).
1.5. Secuenciación Sanger: Utilizando un secuenciador ABI3500. El candidato aprenderá las bases de la técnica y a interpretar los resultados.
1.6. Técnicas de secuenciación masiva para análisis del exoma: el análisis genético del exoma se llevará a cabo sobre el ADN extraído de los linfocitos de las muestras de sangre periférica obtenida de pacientes.
Sobre los resultados obtenidos, el candidato se formará en el estudio crítico de la posible patogenicidad de las variaciones encontradas, mediante el uso de diferentes herramientas bioinformáticas (SIFT, Polyphen-2, MutationTaster, entre otras). Además, el candidato se iniciará en la catalogación de los cambios obtenidos y en la selección de SNPs candidatos. Para ello, aprenderá el manejo de base de datos de SNPs (dbSNP) que utilizará para comparar todas las variaciones genéticas identificadas durante los estudios, y determinar si un SNP es nuevo o conocido. Con los datos obtenidos de la secuenciación de cada caso se generará una base de datos.
Este apartado del plan formativo, se desarrollará en el contexto de los múltiples estudios de investigación en caracterización genética de diversas patologías (EP, distonía, síndrome de Tourette) que se realizan en el grupo receptor, con importante aplicación en la práctica clínica debido a su posible capacidad para predecir pronóstico, complicaciones o respuesta terapéutica.
2. Iniciación y aprendizaje de técnicas de análisis y procesamiento de neuroimagen funcional y medicina nuclear (SPECT/PET cerebral). (Meses 1-12 y 18-24). Este objetivo se desarrollará mediante:
2.1 Formación en el técnicas de cuantificación de SPECT/PET cerebral así como de análisis cuantitativo basado en Voxel en resonancia magnética.
2.2 Iniciación del candidato en el desarrollo de modelos de predicción diagnóstica basados en machine learning.
3. Estadística y metodología de la investigación (meses 1-12). Formación en diseño de estudios, análisis estadísticos e interpretación de resultados. Para ello el solicitante adquirirá conocimientos estadísticos para diseño de proyectos de investigación: definición de variables de estudio, análisis de las mismas y adquisición de conocimientos sobre programas de análisis estadístico (SPSS, R: Project for Statistical Computing).
4. Actividad y evaluación clínica de pacientes y controles. (Meses 1-12 y 18-24).
El solicitante desarrollará la caracterización fenotípica de pacientes con enfermedades que cursan con trastornos del movimiento, y con ello facilitar su correlato con el diagnóstico genético.
5. Estancia formativa en centro extranjero (meses 12-18): El solicitante realizará una rotación en el "Sobell Departament of Motor Neuroscience and Movement Disorders" en el
"Clinicial Movement Disorders group", bajo la supervisión del Prof. K. Bhatia. | | | | | | El objetivo del programa es capacitar a la candidata en el ámbito de la investigación traslacional, a través de una
formación teórica y experimental que le permita profundizar en el conocimiento de las bases biológicas del cáncer en
general y del cáncer colorrectal así como desarrollar su sentido crítico, su inquietud investigadora y su formación
metodológica experimental en este contexto. Todo ello se pretende integrar en el seno de su bagaje clínico, con el fin
último de promover y agilizar la transferencia de los avances en investigación básica al paciente.
Los objetivos concretos del programa son los siguientes:
1. Adquisición de conocimientos básicos de estadística y metodología de la investigación científica y biomédica, que le
capaciten para el análisis de los resultados de futuros proyectos de investigación, así como para el análisis crítico de la
literatura científica.
2. Aprendizaje de técnicas de biología molecular básicas: Western Blot, Northern Blot, PCR, métodos de secuenciación
del DNA, métodos de detección de mutaciones puntuales (PCR/SSCP, PCR/RFLP DGGE, SEQUENOM), arrays de
expresión génica.
3. Introducción en el campo de la experimentación en Biología Celular:
-Técnicas de cultivo celular.
-Técnicas de transfección para la sobreexpresión o silenciamiento de determinados biomarcadores de interés que
previamente hayan sido determinados en el grupo receptor.
-Análisis de IC50 de diferentes fármacos antitumorales en función de distintos perfiles moleculares de interés.
4. Generación de modelos animales xenografts para la evaluación in vivo de la sensibilidad de los tumores a diferentes
tratamientos antineoplásicos, y para la identificación y validación de biomarcadores predictivos de eficacia.
5. Completar su formación clínico-asistencial mediante su integración en el Grupo Multidisciplinar de Tumores
Digestivos en el complejo del Hospital Universitario Virgen del Rocío. La candidata participará activamente en
múltiples ensayos clínicos de desarrollo en fases I-III de nuevos fármacos en tumores digestivos.
PROGRAMA DE FORMACIÓN PRÁCTICO-EXPERIMENTAL
1. Programa de formación teórica:
1.1. Programa de Doctorado de Biología Molecular, Biomedicina e Investigación Clínica. Directora tesis: Rocío García-
Carbonero. Universidad de Sevilla. 2019. Continuidad de la adquisición de conocimientos teórico-prácticos tras la
finalización del Máster de Investigación Biomédica y la Certificación SEOM en Oncología Médica llevados a cabo por la
candidata mediante tutorías periódicas con los tutores responsables.
1.2. Seminarios/sesiones:
- Seminarios periódicos del Instituto de Investigaciones Biomédicas de Sevilla (IBIS).
- Sesiones clínicas diarias de la UGC Oncología Integral del Hospital Virgen Rocío.
- Sesión específica de fase I, que se celebra dos veces por semana (lunes y miércoles).
- Comités de Tumores Digestivos (semanales).
- Reuniones de trabajo de 1-2 días de duración con los distintos grupos de investigación preclínica y clínica en nuevos
fármacos: EORTC, ECSG, SENDO, CIBERes, CAIBER.
- Lab Meeting semanales del Laboratorio de Biología Molecular del Cáncer en Oncología, en el Instituto de
Biomedicina de Sevilla (IBIS).
1.5. Congresos Nacionales e Internacionales:
- Simposio TTD (Grupo de Tratamiento de Tumores Digestivo) 2019 y 2020
- 2019 / 2020 ASCO Annual Meeting.
- 2019 /2020 ESMO European Society for Medical Oncology.
2. Programa de formación práctica:
2.1. Proyectos de investigación básica/traslacional del laboratorio.
La adquisición y consolidación de los conocimientos y habilidades planteadas se realizará mediante la participación en
dos proyectos iniciados en el grupo de investigación:
I) “Biomarcadores diagnósticos y predictivos de respuesta a tratamiento en cáncer colorrectal”. Financiación: Plan de
transferencia y explotación Cód. según financiadora: Exp 06-00001010-15, PI15/00045
El cáncer colorrectal (CRC) es el tercer cáncer más común en todo el mundo [1] | | | | | | El plan formativo del candidato pretende completar su formación como Investigador del Sistema Nacional de Salud con
las competencias necesarias para poder identificar y desarrollar oportunidades en investigación clínica e innovación
tecnológica dentro de su unidad asistencial, basándose para ello en los siguientes objetivos:
1- Completar su formación en Investigación Clínica de calidad en el campo de la Biomedicina, que permita planificar y
desarrollar proyectos independientes en la UCG de Aparato Digestivo.
2- Completar su formación en el aprovechamiento y explotación de las grandes bases de datos disponibles en los
sistemas habituales de gestión de la información clínica, para generar nuevas ideas y evidencias científicas que
permitan mejorar la actividad asistencial.
3- Profundización en el conocimiento del método científico para la elaboración, diseño avanzado, presentación
desarrollo de proyectos de investigación a partir de preguntas de investigación y formulación de hipótesis.
4- Aprendizaje de métodos de análisis estadístico avanzado. Manejo de SPSS y STATA como herramientas
informáticas estadísticas.
5- Saber comunicar adecuadamente los conocimientos en el campo de la Investigación Biomédica, teniendo la
capacidad de realizar contribuciones científicas originales.
6- Adquisición de conocimientos teóricos sobre cardiopatías congénitas.
7- Participación en estudios multicéntricos que permitan caracterizar la Enfermedad Hepática de los pacientes con
Cardiopatías Congénitas, que tienen su máxima expresión en el paciente con Circulación de Fontan, y generar mayor
evidencia de la historia natural de esta enfermedad hepática minoritaria con patrones de daño hepático diferentes a los
ya establecidos.
8- Creación de una consulta en el Hospital Virgen del Rocío para el control y seguimiento de las complicaciones
hepáticas que se generan universalmente en los pacientes con Circulación de Fontan.
9- Inclusión del grupo de SeLiver a la Red Europea de Referencia de Enfermedades Hepáticas Raras.
10- Colaboración con el grupo europeo de enfermedades hepáticas vasculares (Vascular Liver Disorders -VALDI).
Este plan formativo permitirá una capacitación del candidato para la utilización eficiente de los recursos disponibles en
el Sistema Nacional de Salud (SNS), una mejora de la calidad asistencial e investigadora de nuestra UGC, impulsando
una dinámica innovadora que ofrezca la posibilidad de generar nuevos recursos e identificar áreas de mejora. En su
plan será nuclear la orientación hacia los Programas Científicos del IBIS, en los que nuestra UGC está implicada,
alineados con las nuevas estrategias de innovación en biomedicina de los distintos planes nacionales y autonómicos.
Esto supone una apuesta firme de nuestra unidad por la innovación, la ciencia, la tecnología, y la internalización. Esta
estrategia está alineada con los objetivos de las entidades de refuerzo institucional de la investigación (ISCIII, CIBER,
IBIS), mediante la traslacionalidad de los resultados procedentes de las investigaciones científicas a los resultados en
salud para la población. La formación adecuada del solicitante requiere la adquisición de una serie de competencias
que se harán mediante las siguientes actividades:
1- Realización del curso “Experto en Epidemiología e Investigación en Clínica" de la Escuela Andaluza de Salud
Pública (Título propio de la Universidad de Granada).
2- Diploma Superior en Metodología de la Investigación avalado por el Instituto de Salud Carlos III dentro de la
Fundación para la formación de la OMC (créditos: 12 ECTS).
3- Cursos propios del IBIS en relación con la Metodología de la Investigación en Ciencias de la Salud, seminarios
semanales del grupo receptor (proteómica, genética, epigenética, metabolómica y transcriptómica, entre otros),
seminarios semanales dentro del ciclo anual de conferencias del IBIS.
4- Curso de Protección y Experimentación Animal. Función A, B, y C en roedores, | | | | | | SUMMARY: In the combined antiretroviral therapy (cART) era, serious non-AIDS events (SNAEs) have become the
major causes of morbidity and mortality in HIV-infected persons. Biomarkers of immune activation, inflammation and
coagulopathy do not fully normalize despite virologic suppression and seem important contributors to SNAEs. A number
of strategies aimed to reduce these effects have been investigated but there is little conclusive evidence on which will
result in clinical benefits. Hepatitis C virus (HCV) infection, like HIV infection, may be associated with these biomarkers.
However, these biomarkers are also associated with "biological age". Other parameters such as mitochondrial damage,
senescence, oxidative stress, telomere length, TRECs, CD4:CD8 ratio or several cytokines, have been associated with
"biological age". Therefore, SNAEs may be the consequence of an accelerated biological aging in HIV and/or HCV
infected patients. The joint analysis of markers associated with biological aging could predict SNAEs in these patients.
In addition, patients with highest biological age who cannot improve their biological status after curative HCV treatment
are more susceptible for SNAEs. Our aim is to measure several parameters related to "biological age" in HIV and/or
HCV infected patients just before experience SNAEs and use them to create a predictive risk model. Also, we expect
an improvement in these parameters in patients were sustained virologic response is achieved with HCV therapy. | | | | | | SUMMARY: In the combined antiretroviral therapy (cART) era, serious non-AIDS events (SNAEs) have become the
major causes of morbidity and mortality in HIV-infected persons. Biomarkers of immune activation, inflammation and
coagulopathy do not fully normalize despite virologic suppression and seem important contributors to SNAEs. A number
of strategies aimed to reduce these effects have been investigated but there is little conclusive evidence on which will
result in clinical benefits. Hepatitis C virus (HCV) infection, like HIV infection, may be associated with these biomarkers.
However, these biomarkers are also associated with "biological age". Other parameters such as mitochondrial damage,
senescence, oxidative stress, telomere length, TRECs, CD4:CD8 ratio or several cytokines, have been associated with
"biological age". Therefore, SNAEs may be the consequence of an accelerated biological aging in HIV and/or HCV
infected patients. The joint analysis of markers associated with biological aging could predict SNAEs in these patients.
In addition, patients with highest biological age who cannot improve their biological status after curative HCV treatment
are more susceptible for SNAEs. Our aim is to measure several parameters related to "biological age" in HIV and/or
HCV infected patients just before experience SNAEs and use them to create a predictive risk model. Also, we expect
an improvement in these parameters in patients were sustained virologic response is achieved with HCV therapy. | | | | | | | | | | | | | | | | | | ACTIVIDAD A REALIZAR
Objetivo 1. Evaluación del efecto aditivo o sinérgico de la supresión de la respuesta SOS junto a la
sobreproducción de ROS en la potenciación de la actividad bactericida de antimicrobianos como las
quinolonas.
Este objetivo se basa en determinar cómo la sobreproducción de especies reactivas de oxígeno (ROS)
junto con la supresión de la respuesta SOS constituye una vía para potenciar la actividad bactericida de
antimicrobianos como las quinolonas, lo cual potencia el proceso de muerte celular. Para evaluarlo, se
procederá a la construcción de mutantes dobles, partiendo de mutantes de la colección KEIO, en los que se
implique a genes relacionados con la respuesta SOS y diversos sistemas de detoxificación de ROS. Se
incluirá el gen sdhC (componete de la succinato deshidrogenasa), cuya deficiencia se ha vinculado a un
incremento del estres oxidativo.
Objetivo 2. Determinación del impacto de la heterogeneidad poblacional de expresión de la
respuesta SOS frente a quinolonas en clones exitosos de E. coli.
La heterogeneidad poblacional de expresión de la respuesta SOS en aislados clínicos podría condicionar la
supervivencia frente a antimicrobianos, por ello, se determinará, en aislados clínicos que pertenecen a
clones exitosos, cómo la heterogeneidad genética de los reguladores de esta respuesta, así como la
heterogeneidad poblacional de expresión de la misma, pueden influir en la respuesta al tratamiento
antimicrobiano. Y, por otro lado, conocer cómo la supresión de la respuesta SOS condiciona las tasas de
persistencia en poblaciones de aislados clínicos de E. coli con sensibilidad reducida a quinolonas a
concentraciones terapéuticas de los mismos.
Objetivo 3.- Transferibilidad prevista de la actividad científica a realizar a la resolución de problemas de salud.
Potencialidad de la propuesta en cuanto a su orientación al paciente o a la población a través de actividades de
transferencia, tales como Guías de Práctica Clínica, innovación en procedimientos diagnósticos, implementación y
desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas o investigación de factores epidemiológicos relevantes para la salud de la
población. | | | | | | TAREAS
Extracción de ADN y ARN
Desarrollo todas las técnicas de Biología Molecular relacionadas con la determinación de los marcadores genéticos (PCR-RFLP, PCR cuantitativa, PCR reversa cuantitativa, secuenciación)
Análisis de los resultados obtenidos.
Seguimiento de los pacientes
Realización de entrevistas periódicas a los pacientes y recogida de datos referentes a seguimiento farmacoterapéutico (problemas y quejas de salud, adherencia al tratamiento, calidad de vida, satisfacción y conocimiento de la medicación)
Participar en la construcción de una base de datos con la información genética, clínica, y anatomopatológica proporcionada por el resto del equipo
Participar en la elaboración de la memoria científica del estudio
Objetivos proyecto
Objetivo Principal
Evaluar la presencia de los marcadores genéticos implicados en la respuesta y toxicidad al tratamiento de los pacientes diagnosticados con NSCLC.
Objetivos Especificos
1.
Evaluar la presencia de alteraciones genéticas implicadas en respuesta y toxicidad en pacientes con NSCLC.
2.
Evaluar la influencia de marcadores genéticos en eficacia y/o toxicidad del tratamiento.
3.
Medir la frecuencia de problemas relacionados con los medicamentos (PRM) y de resultados negativos de la medicación (RNM) en pacientes con NSCLC tratados con inhibidores de EGFR o platinos.
4.
Evaluar la calidad de vida, conocimiento de los medicamentos, satisfacción con la medicación y la adherencia al tratamiento de pacientes con NSCLC en tratamiento con inhibidores de EGFR o platinos.
5.
Medir el gasto económico asociado al tratamiento prescrito | | | | | | | | | | | | The achievement of the main objective, obtaining the PhD in Molecular Biology, would also help
her in reinforcing a structure for regular scientific meetings, sharing expertise and common
resources. The fellow will be instructed and trained at an advanced stage in different and
innovative techniques and will also boost her scientific career by the interaction with this highquality
level company. Her main motivation is to obtain a PhD in Molecular Biology, covering all the
aspects from bench to bedside. For this purpose, the interaction with the company is absolutely
crucial, in order to understand the mechanisms underlying the business framework and the
intellectual property protection requirements. Furthermore, the relationship between Academia and
the company will be reinforced through the internship of Rocío in Biomedal SL, during the third
year of the contract (2021-2022). Currently, she collaborates in two health funded-projects:
"LITMUS (Liver Investigation: Testing Marker Utility in Steatohepatitis)", an European project, and
she also participates in "Uso de terapia epigenética avanzada para el tratamiento de la
Enfermedad Hepática por Depósito de Grasa No Alcohólica (EGHNA)". | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | El candidato desarrollaría su actividad asistencial y de investigación en la UGC de Pediatría y
concretamente en la Sección de Infectología, Reumatología e Inmunología Pediátrica (SIRIP) en el HUVR.
Dada su especialización y la experiencia adquirida durante su formación MIR, contratación Rio Hortega y
estancias formativas en los diferentes centros de referencia, se dedicará especialmente a la atención de
pacientes con sospecha o diagnóstico de inmunodeficiencia primaria (IDP), entendiendo con el término IDP
no solamente pacientes “clásicos” que presenten una mayor susceptibilidad frente a infecciones, sino
también las entidades de IDP de descripción más reciente, como los síndromes de desregulación inmune
congénita (SDIC). Aunque estas enfermedades comparten algunas características con las IDP “clásicas”,
como las infecciones por patógenos inusuales o cursos atípicos de las infecciones, en muchas ocasiones
están acompañadas de manifestaciones autoinmunes, autoinflamatorias o mayor predisposición de
desarrollar enfermedades malignas.
El candidato atenderá a estos pacientes en la planta de hospitalización, consultas externas y en el Hospital
de día de SIRIP. Puesto que la presentación de estas enfermedades puede ser compleja y multiorgánica,
estos pacientes pueden encontrarse, potencialmente, en otras unidades pediátricas, incluyendo los
cuidados intensivos pediátricos y neonatales. En este sentido, es una gran ventaja que el candidato haya
realizado la mayor parte de su formación MIR en el centro receptor con rotaciones por las
subespecialidades pediátricas más relevantes, lo que facilitará la comunicación con los compañeros para
poder prestar su apoyo como parte integral de un equipo multidisciplinar para mejorar el manejo de estos
pacientes. El candidato coordinará el proceso diagnóstico-terapéutico como enlace entre el equipo clínico,
el laboratorio de inmunología y, si es preciso, con colaboradores nacionales e internacionales. Aplicará los
conocimientos adquiridos sobre la utilidad y limitaciones de los estudios inmunológicos funcionales y de
los paneles de secuenciación masivas.
El desarrollo y la implementación de paneles de secuenciación masiva en nuestro centro en el año 2016 ha
repercutido en un aumento del número de pacientes identificados con IDP clásica así como en el número
de pacientes con SDIC. La creación de una red de infectólogos pediátricos dedicados al estudio de
alteraciones del sistema inmunitario (Grupo Andaluz de Infectologia Pediátrica), la comunicación y
formación de los integrantes del mismo grupo sobre las IDP, ha resultado en un incrementado de
derivaciones a nuestro centro.
En resumen, la actividad clínica que el candidato realizará durante el contrato Juan Rodes será:
- Coordinar una consulta específica dentro de SIRIP dedicado al diagnóstico, estudio, tratamiento y
seguimiento de pacientes con SDIC (8:30-15:00h, un día/semana)
- Prestar atención al incremento de pacientes con IDP y SDIC que reciban tratamiento en el Hospital de día
(8:30-15:00h, un día/semana)
-Crear, junto con la Dra E Cordero, una consulta de transición específica (8:30-15:00h, un día/mes). Estas
consultas han sido declaradas una prioridad por parte de las organizaciones de pacientes a nivel nacional
(AEDIP, Asociación Española de Déficits Inmunitarios Primarios) e internacional (IPOPI, International
Patient Organisation for Primary Immunodeficiencies) y representaría un proyecto pionero en España.
- Impulsar y coordinar la redacción de protocolos consensuados con los servicios implicados
(microbiología, farmacia, oncohematología, cuidados intensivos) para optimizar la atención de pacientes
con riesgo, sospecha o infección fúngica confirmada.
- Atender a pacientes con riesgo, sospecha o infección confirmada por hongos en el área de consultas,
planta de hospitalización, cuidados intensivos y hospital de día. | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | SmartPITeS es un proyecto coordinado de 6 entidades asociadas llamados nodos (PI18/00700, PI18/00841, PI18CIII/00004, PI18/00788,
PI18/01047, PI18/01157), que se solicita como evolución de los proyectos PITeS (PI09/90110), PITeS-ISA (PI12/00508) y PITeS-TIiSS
(PI15/01213). Su objetivo global es impulsar la red de nodos de investigación e innovación en informática biomédica y de la salud de centros
sanitarios de diferentes comunidades autónomas con la finalidad de diseñar e implementar infraestructuras basadas en métodos y tecnologías
comunes de representación de la información y el conocimiento. Estas innovaciones servirán de soporte a la transformación digital en el
Sistema Nacional de Salud. También es objetivo global implementar un marco de relación para facilitar la detección, valorización, gestión y
transmisión del conocimiento científico y asistencial aplicado. El nodo Hospital Universitario Virgen del Rocío (HUVR) tiene como objetivo
diseñar, desarrollar y validar en un entorno real un Learning Health System para la asistencia integrada y la gestión de la adherencia al
tratamiento de pacientes crónicos complejos (PCC). De los conocimientos obtenidos en los proyectos previos se definirá un modelo semántico
a partir de la información relevante como parte de una infraestructura tecnológica basada en métodos de aprendizaje para la asistencia
integrada y gestión de la adherencia al tratamiento del PCC. El propósito será el soporte a la decisión clínica predictiva y proactiva así como a
la propia investigación clínica, mediante la reusabilidad y normalización de la información de la Historia de Salud Electrónica (HSE). El sistema
se validará y demostrará en un entorno real con datos de PCC recogidos en la HSE del HUVR y pretende acceder al menos a un TRL 7:
“System prototype demonstration in operational environment”. | | | | | | | | | | | | | | | | | | El adenovirus humano (HAdV) suele producir infecciones autolimitadas en pacientes inmunocompetentes, pero puede causar infecciones graves en immunodeprimidos, como los pacientes con hemopatÃas malignas, incluyendo el linfoma o la leucemia linfoide crónica (LLC) y los receptores de trasplante de progenitores hematopoyéticos. A pesar de ello, su impacto clÃnico puede estar estar infravalorado ya que no se evalua su replicación de forma rutinaria en pacientes no trasplantados. Por ello, se necesitan estudios clÃnicos para definir criterios de identificación de pacientes con riesgo de infección por HAdV y desarrollar intervenciones preventivas y de tratamiento. El tratamiento de este tipo de infecciones, aún no optimizado, ha de pasar por el conocimiento de la cinética de replicación del virus y la identificación de la respuesta inmune especÃfica generada por el mismo. La PCR cuantitativa es el método más utilizado para estudiar la replicación viral. La reconstitución inmune frente a HAdV juega un papel fundamental en el control de la infección, e incrementos en los de células T CD4+ se asocian con el aclaramiento de la infección y mejor supervivencia. El estudio de la respuesta inmune especÃfica frente a HAdV nos permitirÃa predecir la evolución de la infección y la necesidad de tratamiento. El objetivo de este proyecto es, en primer lugar, conocer la cinética de replicación y el impacto clÃnico de la infección y de la enfermedad por HAdV en pacientes adultos con linfoma y LLC y, en segundo lugar, caracterizar la respuesta inmune celular especÃfica frente a HAdV durante las diferentes fases de ambas enfermedades y evaluar su influencia en la evolución clÃnica de los pacientes. | | | | | | | | | | | | | | | | | | La persistencia de valores bajos del cociente CD4/CD8 en individuos VIH
satisfactoriamente tratados (virológicamente suprimidos y aun con niveles adecuados de linfocitos T CD4) se
asocia con el riesgo de desarrollar patología no-SIDA y muerte. Sin embargo, aún se debate el significado
inmunovirológico de este cociente, así como las potenciales causas y los mecanismos subyacentes. Parece claro
que la expansión de células T CD8 frente a las infecciones crónicas (VIH y CMV, particularmente) tiene un papel
crítico, como se conoce también del escenario del envejecimiento. De hecho, inmunosenescencia y CMV se han
asociado a una inversión del cociente que también predice mortalidad en ancianos.
Hemos observado una asociación entre función tímica y cociente CD4/CD8 en infección VIH (Rosado-Sánchez,
Clin Infect Dis 2017). Proponemos explorar el papel de los mecanismos homeostáticos compensatorios como
potencial explicación a esta observación y como soporte para entender mejor la expansión de CD8 en respuesta
a CMV/VIH. Analizaremos, fundamentalmente, función tímica y parámetros relacionados con la proliferación
homeostática (PH) y con la función CD4 T helper en A) una población VIH y B) una población de mayores de 65
años (no-VIH). Como soporte mecanístico, utilizaremos un sistema de cultivo celular para el estudio de la PH de
células T humanas (Rosado-Sánchez, Lab Invest 2018) | | | | | | El objetivo del estudio es clarificar si la simplificacion a una biterapia basada en darunavir/cobicistat o dolutegravir mas lamivudina puede deteriorar la reconstitucion inmune, provocar cambios en el perfil de activacion e inflamacion y/o en el reservorio del VIH comparado con el mantenimiento de una triple terapia basada en un inhibidor de la integrasa mas 2 analogos de nucleos(t)idos. Para ello, hemos disenado un ensayo clinico randomizado en tres grupos (1:1:1) con 4 estratos en funcion del tiempo con carga viral indetectable previo a la inclusion en el que se incluiran 157 pacientes adultos con infeccion por el VIH en tratamiento estable (. 6 meses) con triple terapia basada en inhibidores de la integrasa y 2 analogos y viremia indetectable durante . 1 ano. Los pacientes seran randomizados a continuar con la triple terapia o bien a simplificar a biterapia basada en darunavir/cobicistat o dolutegravir mas
lamivudina. Tras 48 y 96 semanas se evaluara la recuperacion inmunologica mediante los cambios en el cociente CD4+/CD8+, la funcion timica, la activacion inmunologica, proliferacion, senescencia y apoptosis en linfocitos T CD4+ y CD8+, la activacion inmunologica de monocitos/macrofagos, las concentraciones plasmaticas de distintos mediadores inflamatorios, el grado de translocacion microbiana, el reservorio celular del VIH y el grado de transcripcion del ADN-VIH integrado. | | | | | | | | | | | | Las enfermedades alérgicas están alcanzando proporciones epidémicas, y tienen un alto coste para los pacientes y para el
sistema nacional de salud. La eficacia de los tratamientos actuales es limitada por el desconocimiento de las dianas
terapéuticas implicadas en los procesos alérgicos. Por lo tanto es necesaria la búsqueda de dichas dianas, así como el
desarrollo de nuevas terapias. Ya que tanto la genética como los factores ambientales están involucrados en el desarrollo de
estas enfermedades, su investigación requiere de abordajes multidisciplinares y una población alérgica bien definida. Nosotros
proponemos investigar la alergia a olivo (Olea europea), cuya prevalencia es la más alta del sur de España, utilizando
diferentes abordajes experimentales tales como la transcriptómica, epigenética, proteómica y metabolómica. Datos
preliminares de nuestro laboratorio obtenidos en un estudio de asociación del genoma completo han identificado
polimorfismos de un solo nucleótido en una población definida de sujetos alérgicos al olivo con respecto a sujetos sanos.
Proponemos investigar si estas diferencias genómicas se reflejan a otros niveles de regulación (p.e. a nivel de expresión de
proteínas y/o mRNA, cambios epigenéticos o metabolómicos). Los abordajes propuestos tienen el potencial de identificar
nuevas dianas inflamatorias a nivel molecular, así como nuevos marcadores de la condición alérgica, que permitan el
desarrollo de nuevos tratamientos experimentales capaces de mejorar las condiciones de vida de los pacientes y reducir los
costes de esta enfermedad inflamatoria, cuya incidencia creciente, está causando a la sociedad. | | | | | | | | | | | | | | | | | | Los sarcomas de partes blandas (SPB) son tumores malignos raros, y potencialmente mortales, que carecen de
terapias efectivas. Las respuestas completas a la quimioterapia son infrecuentes y la supervivencia media, en
enfermedad avanzada, es de alrededor de 1,5 años. La mediana de supervivencia libre de progresión (SLP) es
de 3.5-5 y 2.5 meses para los fármacos de primera y segunda línea, respectivamente. El tumor fibroso solitario
maligno (TFSM), que representa el 1-2% de todos los SPB, tiene opciones terapéuticas limitadas para
enfermedad avanzada y no tiene biomarcadores predictivos de eficacia. Los agentes anti-angiogénicos (AAs) han
demostrado una actividad prometedora en TFSM, pero se requieren estudios en series más grandes para
comprender los mecanismos por los que los pacientes responden a inhibidores angiogénicos e identificar
potenciales biomarcadores predictivos de respuesta. En SPB, niveles bajos de sVEGFR2 y altos niveles de PIGF
se correlacionaron con una mayor toxicidad de pazopanib y peor SLP y supervivencia global. Además, pazopanib
podría modular la respuesta inmune anti-tumoral. Hipótesis: los AAs activan la respuesta inmune anti-tumoral en
TFSM. La actividad anti-tumoral en estos subtipos puede estar justificada por la modulación ejercida por los AAs
sobre el sistema inmune. Un estudio observacional multicéntrico y ambispectivo incluirá pacientes tratados con
AAs y un grupo de control. Se realizarán análisis de expresión, RNA-seq, Multiplex e IHQ y modelos 3D-organoid
para revelar biomarcadores y correlacionarlos con supervivencia y respuesta. | | | | | | Objetivos: 1.Evaluar la eficacia clínica y microbiológica, y la seguridad de fosfomicina intravenosa en el
tratamiento de infecciones urinarias complicadas causada por Escherichia coli en condiciones de vida real, en
comparación con una cohorte apareada de pacientes tratados con quinolonas o beta-lactámicos. 2.Evaluar la
frecuencia de fracaso microbiológico y desarrollo de resistencias o disminución de sensibilidad en los aislados de
E. coli, en función de distintos parámetros farmacocinéticos y farmacodinámicos, con especial énfasis en
fABC0-24/CMI. 3.Evaluar la frecuencia de fracaso microbiológico y desarrollo de resistencias o disminución de
sensibilidad en función de la existencia de mutaciones basales en genes relacionados con el transporte
intracelular (glpT, uhpT) o la regulación de estos transportadores (cyaA, ptsI, entre otros).
Métodos: Objetivo 1: Estudio de cohortes prospectivas apareadas de pacientes con infección urinaria complicada
de presentación comunitaria, tratados con fosfomicina intravenosa (cohorte de fosfomicina), o con quinolonas o
beta-lactámicos (cohorte control). Comparación mediante regresión logística condicional de curación clínica y
microbiológica, y de mortalidad. Objetivos 2 y 3: cohorte de fosfomicina; CMI de fosfomicina por técnicas de
referencia; medición de niveles plasmáticos de fosfomicina; determinación de mutaciones basales y en cepas que
desarrollan resistencia. Evaluación del impacto de la CMI y mutaciones en fracaso microbiológico y desarrollo de
resistencia mediante regresión logística. | | | | | | | | | | | | El objetivo es dotar al Hospital Infantil Virgen del Rocío de capacidad técnica para la implantación y desarrollo de ensayos clínicos (EECC) fase I, II, III y IV en pacientes pediátricos. Como se desprende de la estructura organizativa del hospital, tanto por la complejidad de los pacientes, como por las exigencias sanitarias que conlleva y por el gran número de investigadores, se hace necesario un técnico de apoyo a ensayos clínicos, lo suficientemente formado para la realización del trabajo que conlleva. La contratación del técnico solicitado servirá de apoyo a los investigadores para la implantación y el desarrollo de EECC en las diferentes subespecialidades pediátricas.
La función principal del puesto será la de dar soporte a la gestión operativa de ensayos clínicos y proyectos de investigación en general, así como la promoción y captación de EECC con medicamentos. Ha de asegurar que el estudio se realiza de acuerdo a los requerimientos del protocolo, Buenas Prácticas Clínicas (BPCs), Procedimientos Normalizados de Trabajo (PNTs) y la regulación local e internacional que aplique. Las actividades comprenden:
1.- Apoyo a la presentación de proyectos a convocatorias de ayuda y posterior seguimiento, en estrecha colaboración con el/la investigador/a principal y demás personal colaborador del estudio.
2.- Promoción y captación de ensayos clínicos con medicamentos, contando para ello con la potencialidad de la estructura de recursos humanos y materiales del Hospital Infantil Virgen del Rocío, así como relacionándose sistemáticamente con los promotores de dichos EECC.
3.- Preparación del plan de proyecto, comunicación y monitorización, colaboración en la realización del Cuaderno de Recogida de Datos (CRD), asesorar al equipo investigador durante el progreso del ensayo clínico y de actuación para que el mismo sea realizado, registrado e informado de acuerdo con el protocolo, los PNT, BPCs y los requisitos reguladores pertinentes.
4.- Gestión los problemas relacionados con los estudios en activo.
5.- Coordinación de envío a los Comités Éticos de Investigación Clínica (CEICs).
5.- Elaboración de informes asociados al seguimiento de los EECC (realizar las visitas de monitorización).
6.- Apoyo en la coordinación de la dotación de equipamiento científico y en el aprovisionamiento de materiales de utilidad y adecuada a los proyectos, supervisando su optimización y correcta utilización
7.- Organización de reuniones del estudio y participación.
8.- Mantenimiento de archivos.
9.- Gestión de acontecimientos adversos (generación de informes anuales, finales, para centros, etc.).
10.- Promoción del desarrollo de ensayos clínicos pediátricos en el centro. | | | | | | Los avances en genómica con la continua aparición de nuevos microarrays de RNA, que permiten realizar estudios de expresión a lo largo de todo el genoma y, sobre todo desde la disponibilidad de secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing, NGS), han supuesto una revolución en la última década en biomedicina. Las plataformas de secuenciación de segunda generación que vienen a complementar a la tradicional secuenciación Sanger, permiten analizar un gran número de individuos obteniendo una profundidad de secuenciación significativa de sus genomas.
La disponibilidad, por tanto, de estas potentes herramientas en un laboratorio permite expandir considerablemente su campo de investigación y suministrar apoyo a la realización de numerosos estudios de otros centros que carezcan de ella. Una de sus principales limitaciones, no obstante, es la necesidad de disponer de un personal de laboratorio altamente especializado que sea capaz de responder en el menor tiempo posible a las necesidades de los investigadores.
En este sentido el Servicio de Genómica y Secuenciación del IBiS dispone de diverso equipamiento muy potente que puede ser usado como herramientas para la investigación. Entre estas tecnologías las más destacadas son las plataformas de Affymetrix (estudios de expresión de ARN y microARN) y de Agena, (estudios de genotipación y análisis de metilación del ADN). Además, complementando al secuenciador automático AB3500, recientemente, nuestro Servicio, ha adquirido un secuenciador de segunda generación que permitirá llevar a cabo algunos experimentos de secuenciación masiva (MiSeq de Illumina).
El solicitante Francisco Morón se encargará de dar asesoramiento y soporte técnico de las diferentes técnicas al personal clínico e investigador de las unidades que forman parte del IBiS, así como de otros centros públicos y privados de investigación.
Al mismo tiempo, el técnico llevará la gestión del Servicio de Genómica y Secuenciación, incluyendo:
- Pedidos de fungibles y reactivos, atendiendo a los distribuidores de las diferentes casas comerciales y buscando nuevas alternativas a los productos empleados.
- Mantenimiento y limpieza de los equipos, teniendo al día los contratos de mantenimiento de los equipos.
- Facturación interna tanto de los pedidos que se realizan como de los servicios realizados a los investigadores. | | | | | | | | | | | | El Instituto de Biomédica de Sevilla (IBIS), centra su actividad de I+D+I en el Hospital Universitario Virgen del Rocio, en la Universidad de Sevilla y en el CSIC. En los últimos años, el IBIS se Ha convertido en un núcleo clave en investigación biomédica, con investigadores básicos y clínicos. Cuatro líneas estratégicas principales han sido definidas en este centro biomédico: Enfermedades infecciosas y del sistema inmunitario, neurociencias, oncohematología y genética, y patología cardiovascular y respiratoria. Los investigadores principales de cada una de estas líneas lideran varios proyectos nacionales e internacionales. Entre estos estudios se incluyen búsqueda de nuevos biomarcadores de diagnóstico, pronostico y predictivos de respuesta, así como nuevas dianas terapéuticas, eEl Instituto de Biomédica de Sevilla (IBIS), centra su actividad de I+D+I en el Hospital Universitario Virgen del Rocio, en la Universidad de Sevilla y en el CSIC. En los últimos años, el IBIS se Ha convertido en un núcleo clave en investigación biomédica, con investigadores básicos y clínicos. Cuatro líneas estratégicas principales han sido definidas en este centro biomédico: Enfermedades infecciosas y del sistema inmunitario, neurociencias, oncohematología y genética, y patología cardiovascular y respiratoria. Los investigadores principales de cada una de estas líneas lideran varios proyectos nacionales e internacionales. Entre estos estudios se incluyen búsqueda de nuevos biomarcadores de diagnóstico, pronostico y predictivos de respuesta, así como nuevas dianas terapéuticas, en diversas patologías. Fruto de estas líneas de investigación y de la necesidad de disponer de plataformas que permitan llevar a cabo estos estudios, se crea en el 2014 el servicio de proteómica del IBIS, con personal altamente cualificado.
En la actualidad disponemos de un laboratorio de proteómica con los equipamientos necesarios para poder dar un servicio de calidad en la extracción, cuantificación y determinación de proteínas, en diversos especímenes biológicos, paralelamente al asesoramiento a nivel experimental y de interpretación de resultados que los investigadores necesitan. Conscientes del rápido desarrollo de la proteómica en los últimos años y teniendo en cuenta eln diversas patologías. Fruto de estas líneas de investigación y de la necesidad de disponer de plataformas que permitan llevar a cabo estos estudios, se crea en el 2014 el servicio de proteómica del IBIS, con personal altamente cualificado.
El profesional técnico solicitado llevará a cabo las funciones de soporte tecnológico y logístico en el área de proteómica. Entre las tareas a realizar se incluyen, diseño experimental, extracción de proteínas, cuantificación de la muestra mediante fluorometría (Qubit, Invitrogen), o BSA, así como preparación de muestras para técnicas como electroforesis uni y bidimensional, DIGE, label free, marcaje con etiquetas isobáricas iTRAQ, TMT, etc.., modificaciones postraducionales, marcaje con aquapeptidos, paralelamente a la puesta a punto de nuevas metodologías de interés para los investigadores basadas en aproximaciones proteómicas. Por otro lado, se encargara del análisis primario de resultados mediante diferentes software. | | | | | | Constitución de la Red andaluza para la realización de ensayos clínicos en enfermedades infecciosas ANCRAID (Andalusian Network for Clinical Research in Infectious Diseases)
Las enfermedades infecciosas son un área prioritaria en la investigación de nuevos fármacos y técnicas diagnósticas, especialmente en relación con las resistencias bacterianas, infecciones emergentes y re-emergentes e infecciones virales. Justo con esto, la existencia de un alto número de grupos de investigación en este área en Andalucía con liderazgo nacional e internacional y experiencia en la investigación colaborativa conjunta es una oportunidad única para la formación de una Red multidisciplinar que facilite la captación de ensayos y posibilite la realización de ensayos independientes. Para ello, la Red que se propone integra Grupos de investigadores especialistas (de E. Infecciosas/Medicina Interna y Microbiología de 15 hospitales, más otros especialistas incluyendo Farmacología Clínica, Cuidados Críticos, Pediatría, Hematología, Dermatología y servicios quirúrgicos, con participación de preventivistas y enfermería en los Grupos), más 4 centros de Atención Primaria. El objetivo genérico es aumentar significativamente la captación de ensayos clínicos en el área de las enfermedades infecciosas con financiación de promotores externos, mejorando la captación de recursos y facilitando el acceso a los mismos a los ciudadanos andaluces, y que facilite la realización de ensayos clínicos independientes liderados por investigadores andaluces. Se trata de constituir una red flexible y ágil que funcione como ventanilla única para las empresas y CRO, facilitando los procesos y resultados. Esto se realizará mediante (a) una estrategia que incluye un análisis de situación y mejora de los centros en cuanto a sus capacidades y resultados en su participación en ensayos, así como de las estructuras de apoyo, con un plan de mejora acordado con los centros; (b) un plan de comunicación interno y externo, para dar a conocer la Red a las CRO y empresas promotoras; (c) un plan de formación; (d) evaluaciones continuas de resultados y propuestas de mejora; y (e) un plan de sostenibilidad. Las tareas, hitos y entregables se han desarrollado de forma que puedan alcanzarse los objetivos, con indicadores precisos de resultados | | | | | | | | | | | | RESUMEN
Los análogos de platino, particularmente cisplatino y carboplatino, se encuentran entre los agentes quimioterápicos de uso más extendido en oncología y tienen una demostrada actividad clínica en el tratamiento en primera línea de una amplia variedad de tumores, incluidos cáncer de tipo germinal testicular, ginecológico, pulmonar, urotelial, gastroesofágico y de cabeza y cuello, entre otros. A pesar de la consistente respuesta inicial, muchos tumores desarrollan resistencia al tratamiento con platino por mecanismos que suelen consistir en una disminución de la concentración intracelular del fármaco, un incremento de la capacidad reparativa del DNA o la inhibición de las vías de muerte celular. En este proyecto proponemos estudiar la implicación de los sistemas de ubiquitín ligasa SCFFBXW7 y SCFbTRCP en el control de la degradación de proteínas relevantes en la respuesta al tratamiento con cisplatino, o cisplatino más paclitaxel, y su papel en la adquisición de resistencia. Evaluaremos la combinación de cisplatino con inhibidores de estos sustratos que puedan superar los mecanismos de resistencia. También se estudiará el balance entre apoptosis y autofagia en la respuesta a cisplatino, dado que la autofagia puede mediar resistencia. Comprobaremos el papel que pueden tener los sustratos de FBXW7 y bTRCP en la regulación del flujo autofágico. Finalmente analizaremos las correlaciones entre los niveles de expresión de FBXW7 y bTRCP y sus sustratos, particularmente el complejo MRN (MRE11, RAD50, NBS1) y proteínas asociadas implicadas en reparación del DNA, en muestras clínicas de pacientes tratados con análogos de platino, con el propósito de identificar biomarcadores predictivos. |
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